Система Бокситогорской канализации включает в себя хозяйственно-бытовую, производственную и ливневую, обеспечивающую ежесуточное водоотведение около 17 000  куб.м/сут. сточных вод. Все хозяйственно-бытовые и промышленные сточные воды, поступающие в городскую систему канализации Бокситогорска, проходят полный цикл очистки на канализационно очистных сооружениях, что исключает сброс неочищенных сточных вод в природные водоемы.

Сброс осуществляется единым выпуском диаметром 1000 мм в мелиоративную канаву протяженностью 500 м и затем в реку Пярдомля.

На предприятии осуществляется производственный контроль качества сточных вод путем отбора проб из трубы перед выпуском в реку Пярдомля. Ведется постоянный мониторинг концентрации веществ  по результатам лабораторных исследований сточных вод. В процессе контроля качества  сточной воды задействованы лаборатории сторонних организаций на договорной основе.

Основные задачи в области водоотведения:

• повышение качества очистки сточных вод;
• обеспечение экологически безопасной утилизации осадка сточных вод;
• внедрение энергоэффективного оборудования в системе канализации.